Новосибирский район расположен в восточной части Новосибирской области на Приобском плато и занимает долину реки Оби и Иня. Характерная особенность рельефа - глубоко врезанные речные долины, многочисленные лога и овраги по крутым берегам рек. Южная часть долины Оби занята Новосибирским водохранилищем. В районе хорошо развита речная сеть. По району протекает могучая и полноводная Обь. В первой половине апреля происходит сначала плавный, а потом резкий подъем уровня воды. Общая продолжительность половодья – 120 дней до начала августа. В южной части района расположена плотина Новосибирской ГЭС и левобережье нижней части Новосибирского водохранилища. Водные ресурсы Новосибирского водохранилища используются для орошения, водоснабжения, рыбного хозяйства и в рекреационных целях. Озера расположены в пойме Оби и образовались в результате зарастания проток. Естественная растительность района представлена в основном сосновыми, сосново-березовыми и березовыми лесами. На возвышенных местах располагаются березовые леса с травяным покровом. Численность большинства видов птиц и зверей низкая. Встречается белка, бурундук, крот, лисица, заяц. Небольшая группа лосей обосновалась возле Академгородка. Особо охраняемые территории района: Кудряшовский бор, организованный в 1965 г., Приобский сосновый бор, организованный в 1969 г. Задача - охрана зоны рекреации, гнездований глухарей, местообитаний лося и охрана рыжих муравьев, мелколиственных биотопов.