В Цейском ущелье климат характеризуется умеренно-мягкой зимой. Средняя температура января - 7 градусов. Лето умеренно прохладное, с частыми дождями. Средняя температура июля около + 13 градусов. Осадков 1000 мм в год, главным образом в мае-октябре. Относительная влажность наиболее высока в теплый период. Число часов солнечного сияния 2256 в год. Преобладают слабые горно-долинные ветры, которые обеспечивают хорошую вентиляцию Цейского ущелья.