Основной лечебный фактор – иловая грязь и рапа Шаболотского лимана и хлоридно-гидрокарбонатные натриевые минеральные воды. Используются также лиманская вода для лечения ваннами, а также морские купания и купания в лимане. Химический состав этих вод идентичен. В лиманской воде, как и в морской, содержится 79 элементов. Основные элементы: хлор, бром, йод, натрий, калий, кальций, магний, а также сульфаты и карбонаты. Кроме них в морской и лиманской воде присутствуют десятки таких микроэлементов как золото, серебро и прочие, а также биологически активные вещества: антибиотико-, гормоно- и витаминоподобные. Постоянство соотношений элементов в морской и лиманской воде является их важной особенностью. В этом наиболее ценное для курорта рекреационное значение вод Черного моря и Шаболотского лимана для использования его целебных сил.