Большая часть территории Кондопожского района Карелии покрыта лесом, основные лесообразующие породы - сосна и ель. Около четверти территории района занимают водоемы.
Базы отдыха, гостевые дома и туристические комплексы Кондопожского района Карелии располагаются в экологически чистых лесных зонах, по берегам рек и озер, что делает отдых здесь комфортным, а лечение – эффективным. Хвойные леса, иногда с примесью березы и осины, растут среди многочисленных озер, болот, скал, что весьма типично для Карелии в целом. Для лесной фауны наиболее встречающиеся виды - белка, ондатра, норка, лиса, лось, кабан, и др.
Кондопожский район граничит с Онежским озером. Здесь находятся три больших залива-губы: Лижемский, Уницкий и Кондопожский. В районе находится множество рек, речек, речушек и озер. В реках и озерах водится много рыбы, наиболее распространены щука, окунь, лещ, сиг, ряпушка, корюшка, и др. С северо-запада на юго-восток, район пересекает крупная река Суна, которую гордо величали как "мать Карельских водопадов". Из ныне сохранившихся самый знаменитый - равнинный водопад "Кивач", с высотой падения воды 10,7 м. Особенно красив водопад во время весеннего половодья. В 1791 году поэт Гаврила Романович Державин прославляет "Кивач" написанием своей знаменитой оды "Водопад", с тех пор водопад неизменно привлекает к себе внимание всех, кто предпринимает тур в Кондопожский район Карелии. Среди сановных особ Кивач посещал в 1857 году сам император Александр II!
В 1931 году был открыт национальный заповедник "Кивач", с чрезвычайно богатой флорой – здесь насчитывается свыше 500 видов растений, и фауной.
Другой памятник природы Кондопожского района - кратер вулкана Гирвас. Он самый древний в Карелии, его возраст насчитывает около 3 млрд. лет. В районе поселка Гирвас Кондопожского района можно осмотреть остатки древнего вулкана.
Другие памятники природы, находящийся на территории Кондопожского района - Сундозерский палеонтологический разрез, заказник карельской березы у южной оконечности Мунозера, Гирвасский разрез каньона на р. Суна со следами вулканической деятельности, и т.д. Кроме того, в восточной части района имеются залежи шунгитов и доломитов, других пород.